Справившись с Боузером и защитив Бруклин, Марио думал, что настало время передышки. Но покой оказался недолгим. Коварный союз Варио и Боузера-младшего вновь бросил вызов герою. Их амбиции простирались далеко — ни больше, ни меньше, чем подчинить себе весь мир.
Теперь Марио не один. Рядом верные друзья, всегда готовые помочь, и неутомимый компаньон Йоши. Вместе им предстоит отправиться в новое опасное путешествие, чтобы разрушить зловещие замыслы врагов. Их цель — остановить альянс до того, как его планы станут реальностью, и снова вернуть спокойствие.